También, en Tossa de Mar hay un único puerto deportivo: el puerto deportivo Canyelles, al sur de la población. Entre las actividades acuáticas para toda la familia para practicar en Tossa de Mar encontramos el submarinismo, el kayak, la vela, las motos de agua, el snorkel, el parasailing, el ski bus ... Todas estas y muchas otras más actividades permiten disfrutar del maravilloso entorno de la Costa Brava y descubrir todos sus encantos desde una perspectiva diferente: el mar.
También existen diferentes líneas de transporte marítimo desde Tossa de Mar, que enlazan con otros pueblos de costa, y son la excusa perfecta para descubrir nuevos lugares y disfrutar de una panorámica espectacular de los acantilados de la Costa Brava. Además, hay varias empresas que efectúan excursiones y paseos en barco desde Tossa de Mar.